ในองค์กรปกครองคณะสงฆ์ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ.๒๕๐๕ ได้กำหนดอำนาจหน้าที่ผู้บัญชาการเป็นต้นไว้โดยชัดเจน ดังนี้

             ๑. อำนาจหน้าที่ผู้บัญชาการ
สมเด็จพระสังฆราช ทรงดำรงตำแหน่งสกลมหาสังฆปริณายก ทรงมีอำนาจหน้าที่บัญชาการคณะสงฆ์ทางมหาเถรสมาคม ตามอำนาจแห่งกฎหมายและพระธรรมวินัย ทรงตราพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช โดยไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมาย พระธรรมวินัย และกฎมหาเถรสมาคม

             ๒. อำนาจหน้าที่มหาเถรสมาคม
มหาเถรสมาคม ซึ่งเป็นองค์กรปกครองคณะสงฆ์สูงสุด มีอำนาจหน้าที่ตามความในมาตรา ๑๕ ตรี ดังนี้
"มาตรา ๑๕ ตรี มหาเถรสมาคมมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
             (๑) ปกครองคณะสงฆ์ให้เป็นไปโดยเรียบร้อยดีงาม
             (๒) ปกครองและกำหนดการบรรพชาสามเณร
             (๓) ควบคุมและส่งเสริมการศาสนศึกษา การศึกษาสงเคราะห์ การเผยแผ่ การสาธารณูปการ และการสาธารณสงเคราะห์ ของคณะสงฆ์
             (๔) รักษาหลักพระธรรมวินัยของพระพุทธศาสนา
             (๕) ปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัตินี้ หรือ กฎหมายอื่น
เพื่อการนี้ ให้มหาเถรสมาคมมีอำนาจตรากฎมหาเถรสมาคม ออกข้อบังคับ วางระเบียบ ออกคำสั่ง มีมติหรือออกประกาศ โดยไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมายและพระธรรมวินัย ใช้บังคับได้ และจะมอบให้พระภิกษุรูปใด หรือคณะกรรมการหรือคณะอนุกรรมการตามมาตรา ๑๙ เป็นผู้ใช้อำนาจหน้าที่ตามวรรคหนึ่งก็ได้"

             ๓. อำนาจหน้าที่เจ้าคณะ
             อำนาจหน้าที่เจ้าคณะทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค คือ เจ้าคณะใหญ่ เจ้าคณะภาค เจ้าคณะจังหวัด เจ้าคณะอำเภอ เจ้าคณะตำบล ได้กำหนดไว้ในกฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่ ๒๓ (พ.ศ.๒๕๔๑) ว่าด้วยระเบียบการปกครองคณะสงฆ์ ข้อ ๗, ๑๐, ๑๕, ๒๐ และ ๒๕ ตามลำดับ ทุกข้อเหมือนกันเกือบทั้งหมด จึงขอยกมาเฉพาะข้อ ๑๕ ดังนี้

             "ข้อ ๑๕ เจ้าคณะจังหวัดมีอำนาจหน้าที่ปกครองคณะสงฆ์ในเขตจังหวัดของตน ดังนี้
             (๑) ดำเนินการปกครองคณะสงฆ์ให้เป็นไปตามพระธรรมวินัย กฎหมาย กฎมหาเถรสมาคม ข้อบังคับ ระเบียบ คำสั่ง มติ ประกาศ พระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช คำสั่งของผู้บังคับบัญชาเหนือตน
             (๒) ควบคุมและส่งเสริมการรักษาความเรียบร้อยดีงาม การศาสนศึกษา การศึกษาสงเคราะห์ การเผยแผ่พระพุทธศาสนา การสาธารณูปการ และการสาธารณสงเคราะห์ ให้ดำเนินไปด้วยดี
             (๓) ระงับอธิกรณ์ วินิจฉัยการลงนิคหกรรม วินิจฉัยข้ออุทธรณ์ คำสั่ง หรือคำวินิจฉัยชั้นเจ้าคณะอำเภอ
             (๔) แก้ไขข้อขัดข้องของเจ้าคณะอำเภอให้เป็นไปโดยชอบ
             (๕) ควบคุมบังคับบัญชาเจ้าคณะและเจ้าอาวาส ตลอดถึงพระภิกษุสามเณรผู้อยู่ในบังคับบัญชา หรืออยู่ในเขตปกครองของตน และชี้แจงแนะนำการปฏิบัติหน้าที่ของผู้อยู่ในบังคับบัญชา ให้เป็นไปโดยความเรียบร้อย
             (๖) ตรวจการและประชุมพระสังฆาธิการในเขตปกครองของตน"

             อำนาจหน้าที่ตามข้อ ๑๕ เป็นอำนาจหน้าที่โดยภาพรวม ส่วนอำนาจหน้าที่โดยส่วนย่อย ยังมีในบทบัญญัติอื่น ๆ อีก ส่วนรองเจ้าคณะชั้นต่าง ๆ มีอำนาจหน้าที่ตามที่เจ้าคณะมอบหมาย เพราะมีฐานะเป็นผู้ช่วยเจ้าคณะในชั้นนั้น ๆ

             ๔. หน้าที่และอำนาจเจ้าอาวาสและผู้รักษาการแทน
             โดยที่วัดเป็นสถาบันหลักในการปกครองและการดำเนินกิจการคณะสงฆ์และพระศาสนา ที่สำคัญสุด กฎหมายคณะสงฆ์บัญญัติให้วัดมีฐานะเป็นนิติบุคคล และให้เจ้าอาวาสเป็นผู้แทนวัดในกิจการทั่วไป ให้เจ้าอาวาสเป็นผู้ปกครองวัด เจ้าอาวาสนั้น มีฐานะเป็นผู้ ปกครองวัดและมีฐานะเป็นผู้แทนวัด ทั้งมีฐานะเป็นเจ้าพนักงานตามมาตรา ๔๕ แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ เจ้าอาวาสจึงเป็นผู้มีความสำคัญ ต่อความเสื่อมความเจริญของคณะสงฆ์และพระศาสนา แม้ผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส ก็มีฐานะอย่างเดียวกับเจ้าอาวาส เพราะความสำคัญดังกล่าว จึงบัญญัติหน้าที่และอำนาจเจ้าอาวาสไว้โดยชัดเจนในพระราชบัญญัติคณะสงฆ์มาตรา ๓๗ และ ๓๘ ดังนี้
             "มาตรา ๓๗ เจ้าอาวาสมีหน้าที่ ดังนี้
             (๑) บำรุงรักษาวัด จัดกิจการและศาสนสมบัติของวัดให้เป็นไปด้วยดี
             (๒) ปกครองและสอดส่องให้บรรพชิตและคฤหัสถ์ที่มีที่อยู่ หรือพำนักอาศัยอยู่ในวัดนั้น ปฏิบัติตามพระธรรมวินัย กฎมหาเถรสมาคม ข้อบังคับ ระเบียบ หรือ คำสั่งของมหาเถรสมาคม
             (๓)เป็นธุระในการศึกษาอบรมและสั่งสอนพระธรรมวินัยแก่บรรพชิตและคฤหัสถ์
             (๔) ให้ความสะดวกตามสมควรในการบำเพ็ญกุศล"
             "มาตรา ๓๘ เจ้าอาวาสมีอำนาจ ดังนี้
             (๑) ห้ามบรรพชิตและคฤหัสถ์ ซึ่งมิได้รับอนุญาตของเจ้าอาวาสเข้าไปอยู่อาศัยในวัด
             (๒) สั่งให้บรรพชิตหรือคฤหัสถ์ ซึ่งไม่อยู่ในโอวาทของเจ้าอาวาสออกไปเสียจากวัด
             (๓) สั่งให้บรรพชิตหรือคฤหัสถ์ ที่มีที่อยู่หรือพำนักอาศัยในวัด ทำงานภายในวัด หรือให้ทำทัณฑ์บนหรือให้ขอขมาโทษ ในเมื่อบรรพชิตหรือคฤหัสถ์ในวัดนั้น ประพฤติผิดคำสั่งเจ้าอาวาสซึ่งได้สั่งโดยชอบด้วยพระธรรมวินัย กฎมหาเถรสมาคม ข้อบังคับ ระเบียบ หรือคำสั่งของมหาเถรสมาคม"
             อนึ่ง เพราะวัดจะต้องมีเจ้าอาวาสหรือผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส ซึ่งอาจปฏิบัติหน้าที่ได้ไม่ว่างเว้นเลย จึงมีบทบัญญัติโดยชัดเจนในมาตรา ๓๙ ดังนี้
             "มาตรา ๓๙ ในกรณีที่ไม่มีเจ้าอาวาสหรือเจ้าอาวาสไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ ให้แต่งตั้งผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส ให้ผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส มีอำนาจและหน้าที่เช่นเดียวกับเจ้าอาวาส
             การแต่งตั้งผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์และวิธีการที่กำหนดในกฎมหาเถรสมาคม"
หน้าที่และอำนาจตามมาตรา ๓๗ และ ๓๘ เป็นหน้าที่และอำนาจโดยภาพรวม ส่วนอำนาจและหน้าที่โดยส่วนย่อย ยังมีในบทบัญญัติอื่น ๆ อีก
             ส่วนรองเจ้าอาวาสและผู้ช่วยเจ้าอาวาส เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาส มีอำนาจหน้าที่ตามที่เจ้าอาวาสมอบหมาย